本制度では、売却益が非課税であることが最大のメリットですが、主なデメリットは以下の２つです。

• 特定口座等との損益通算ができません。
• 非課税期間終了後に特定口座等へ移管し、売却した場合、投資元本を割り込んでいるにも関わらず課税されることがあります。